天然藥物主要源自於植物、動物及礦物等三大類，其中絕大部分來自於植物類，目前全球植物性藥物需求龐大、社會面臨少子化、高齡化時代提前到來、保健樂活意識抬頭、疾病預防與養生蔚為潮流，因此，藥用植物與相關保健應用產業蓬勃發展。尤其近年來，「中草藥生技產業」越來越受重視，相關產業人才的需求也愈來愈大，包括中草藥保健、營養、生技製藥及化粧品等領域，這些領域的產業發展皆需要研發、品管等全方位的人才。培育具備熟悉中草藥保健、營養、化粧品、生物技術，並能將現代化生物科技的觀念融入藥用植物之開發製備、保健應用及品質管理的跨領域專業人才乃當務之急。
南台灣傳統上即為製藥產業發展之重點地區，近年來政府在南台灣籌設開發之台南科學園區與屏東農業生物技術園區，即是以健康促進、健康維護的生技醫藥產品之開發為發展重點之一。本校位居台南科學園區與屏東農業生物技術園區之中間位置，自民國55年以「藥學」創校以來，即發展「藥理保健」為主，因此整合現有藥理學院及民生學院多個與藥用植物保健應用相關之學系，設立跨領域之「藥用植物與保健應用學士學位學程」。
「藥用植物與保健應用學士學位學程」將於民國105學年度開始招生，不僅配合時代潮流與國家政策，並以提升未來的就業力為導向，技術與理論並重。將以藥用植物為基礎，除教授學生傳統的中醫藥保健知識外，並融合粧品、保健營養、生技製藥及產業品質管理等領域的相關職能，同時學校設有「中草藥應用科技發展中心」、「生技藥物應用研發中心」、「機能性化粧品開發與評估研發中心」、「新藥創建中心」與「加值中草藥健康維護產學中心」等發展重點特色之中心，與多家知名公司合作積極共同參與藥品、保健中草藥、化粧品、生物科技之產學研究，可提供學生完整的學識教育與實作訓練，使技術與理論並重。培育學生成為「中草藥領域」與「保健應用領域」等專業領域的人才為主。
學位學程之發展重點涵蓋二大領域：
1. 藥用植物領域：培養中草藥理論、科學化與產業化技術之人才。
2. 保健應用領域：培養保健理論、實用化與產品化技術之人才。